REZERWAT PRZYRODY BIELA - pow. 45,65 ha. Ochrona ścisła od 1977 roku. Dolinka między-wydmowa z torfowiskiem niskim i fragmentami torfowiska przejściowego, zarośnięte w większości olszą czarną, brzozą omszoną i miejscami sosną.
REZERWAT PRZYRODY CYGANKA - pow. 99,34 ha. Ochrona ścisła od 1977 roku. Fragment bagiennej kotliny Niepustu i wydm Boru Niepustowego z mozaikowym kompleksem zespołów puszczańskich: grądem niskim i wysokim, dąbrową świetlistą, łęgiem olszowym, olsem i borem mieszanym oraz łąką turzycową i łozowiskiem. Pomnikowe okazy drzew. Ostoja zwierzyny: łosi, sarn, dzików, borsuków, ptaków drapieżnych, słonek. Liczne chronione i rzadkie gatunki roślin: brzoza czarna, kokorycz pusta, lilia złotogłów, listera jajowata, łuskiewnik różowy, podkolan biały, gnieźnik leśny, dzwonecznik wonny, kłosownica pierzasta, widłak spłaszczony.
REZERWAT PRZYRODY CZAPLINIEC - pow. 13,31 ha. Rezerwat od 1936 roku, ochrona ścisła od 1959 roku; 100-195 - letni starodrzew sosnowy, podszyty jałowcem, kruszyną, podrostem sosny i dębu, z runem mszysto- czernicowym. Rezerwat utworzony dla ochrony kilkunastu gniazd czapli siwej. Od kilku lat czaple przeniosły się na sąsiednie olchy, poza obszar ochrony ścisłej.
REZERWAT PRZYRODY CZARNA WODA - obszar ochrony ścisłej od 1977 roku im. prof. Aleksandra Tuszki. Pow. 84,42 ha. Ols, łęg olszowy, grądy niski i dąbrowa świetlista na granicy tarasu zalewowego i wydmowego, wznoszącego się kilkumetrowym progiem nadbudowanym wydmami. Stanowisko m. in. lilii złotogłów, wawrzynka wilczegołyka, żankiela zwyczajnego, zachyłki oszczepowatej, czerńca gronkowego, zdrojówki rutewkowatej.
REZERWAT PRZYRODY CZERWIŃSKIE GÓRY - obszar ochrony ścisłej od 1977 roku; pow. 20,38 ha (I), 19,58 ha (II). Dwa fragmenty boru mieszanego i świeżego z płatami dąbrowy świetlistej na stokach Czerwińskich Gór. Obfite stanowisko konwalii majowej oraz zimoziołu północnego.
REZERWAT PRZYRODY DEBŁY - obszar ochrony ścisłej od 1977 roku; pow. 325,98 ha. Fragment południowego pasa wydmowego z klasyczną parabolą Nartowej Góry oraz południowego pasa bagiennego z częścią kotliny Debły. Bory mieszane, grądy niskie i łęgi olszowe. Na Grabowym Grądzie zgrupowanie 28 Ławskich Dębów, okazałych dębów szypułkowych o obwodzie 200-470 cm. Stanowisko bluszczu pospolitego. Bogate runo łęgowe: niecierpek pospolity, ziarnopłon wiosenny, kruszczyk szerokolistny, kopytnik, szczyr trwały, śledziennica skrętolistna. Ostoja: łosi, dzików, sarn, bobrów, borsuków, lisów i ptaków drapieżnych.
REZERWAT PRZYRODY GRANICA - Ochrona ścisła od 1959 roku; pow. 231,33 ha. Wały i parabole wydmowe na pograniczu bagien. Drzewostany w wieku do 150 lat. Bory mieszane świeże i wilgotne, fragmenty grądu i olsu oraz inicjalnych form dąbrowy świetlistej, z bujnym podszyciem i urozmaiconym runem, stanowisko nerecznicy górskiej. Ostoja zwierzyny m.in. łosi i czarnych bocianów. Jeden z najstarszych fragmentów Puszczy objęty ochroną, rezerwat utworzony w 1936 roku.
REZERWAT PRZYRODY KALISZKI - Ochrona ścisła od 1977 roku; pow. 105,82 ha. Malownicze drzewostany sosnowe w wieku do 150 lat, bory mieszane świeże i wilgotne z fragmentami olsów i turzycowisk w zagłębieniach międzywydmowych; stanowisko kosaćca syberyjskiego. Ostoja zwierzyny m.in. łosi, dzików i sarn, w pobliżu miejsce lęgowe bociana czarnego.
REZERWAT PRZYRODY KALISKO - Ochrona ścisła od 1977 roku; pow. 119,45 ha. Fragment większej kotliny na południowym pasie bagiennym. Rozlegle łąki, turzycowiska, łozowiska, olsy i łęgi olszowe, roślinność szuwarowa na torfowisku niskim. Ostoja łosi i dzików, żerowiska ptactwa wodnego, błotnego: krzyżówki, bąka, bączka, rycyka, bekasa kszyka, brodźca piskliwego i krwawodziobego, czajki, czarnego bociana, żurawia i drapieżników: myszołowa, jastrzębia, sokoła pustułki, sowy błotnej.
REZERWAT PRZYRODY KARPATY - Ochrona ścisła od 1997 roku; pow. 31,39 ha. Fragment większego kompleksu wydmowego z ładnie wykształconym grzbietem na pograniczu bagien. Stare dęby i sosny z runem dąbrowy świetlistej; m.in. rutewka mniejsza, rutewka orlikolistna, dzwonek brzoskwiniolistny, kłosownica pierzasta, ciemiężyk białokwiatowy.
REZERWAT PRZYRODY KRZYWA GÓRA - Ochrona ścisła od 1959 roku; pow. 1071,00 ha. Tereny wydmowe z klasyczną parabolą Krzywej Góry i częścią najdłuższego wału wydmowego (18 km), graniczącego z fragmentem pasa bagiennego z licznymi grądami. Na obszarze ochrony ścisłej kontrast dwóch typów krajobrazu Parku najsilniej dochodzi do głosu. Na wydmach bory mieszane świeże, grądy i dąbrowy świetliste, w zagłębieniach i kotlinach międzywydmowych bory wilgotne i olsy. Na bagnach olsy, łęgi olszowe, turzycowiska, pomiędzy nimi grądy niskie i wysokie. Interesująca roślinność m.in. chronione: lilia złotogłów, wawrzynek wilczełyko, bluszcz pospolity, kruszczyk błotny, kruszczyk szerokolistny, miodunka wąskolistna, sasanki oraz masowo występująca konwalia majowa, także płaty widłaka jałowcowatego i goździstego. Trzy stare dęby szypułkowe, z których najokazalszy nosi nazwę Dębu Kobendzy i ma ok. 400 lat, 25 m wysokości i 530 cm obwodu w pierśnicy. Obok niego kamień pamiątkowy, poświęcony prof. Romanowi Kobendzy, inicjatorowi utworzenia Parku. Dąb Jagiellon dożywa kresu żywota. Obszar ten jest wielką ostoją zwierzyny, m.in. łosi, dzików, borsuków, także miejscem lęgowym orlika krzykliwego, żurawia, czarnego bociana, licznych ptaków drapieżnych i błotnych.
REZERWAT PRZYRODY NART - Pow. 16,96 ha. Obszar ochrony ścisłej od 1959 roku im. inż. Stanisława Richtera. Najstarszy zwarty drzewostan sosnowy na niżu polskim na zachód od Wisły, ponad 200-letni, z runem lasu mieszanego. Na skraju dwa 300-letnie graby, chronione jako pomniki przyrody przed 1939 roku, liczne ponad 250-letnie dęby szypułkowe, przy Górczyńskiej Drodze najpiękniejsza w Parku sosna pospolita, zwana Sosną Królowej Bony. Rezerwat utworzono w 1940 roku.
REZERWAT PRZYRODY POŻARY - Ochrona ścisła od 1977 roku; pow. 137,78 ha. Duża kotlina bagienna z torfowiskami niskimi, z dobrze zachowanymi zbiorowiskami: turzycowiskami, łozowiskami, olsami i szuwarami. Stanowisko rzadkich gatunków roślin, np. jaskra wielkiego, zachylnika błotnego, bobrka trójlistkowego, siedmiopalecznika błotnego. Duża ostoja łosi i innych gatunków oraz miejsca lęgowe i żerowiska ptactwa wodnego, błotnego i drapieżników. Teren zupełnie niedostępny; najlepszy wgląd ze szlaku znakowanego, prowadzącego grzbietem Karpat.
REZERWAT PRZYRODY PRZYĆMIEŃ - Ochrona ścisła od 1997 roku; pow. 109,20 ha. Klasycznie wykształcone olsy, łęgi olszowo-jesionowe i grądy, w podglebiu i glebie duża zawartość węglanu wapnia, miejscami w formie warstwy czystej kredy; jest to rzadkość na terenie Parku, stąd wynika odrębność ekologiczna i florystyczna rezerwatu, np. stanowiska pierwiosnka lekarskiego, czerńca gronkowego, kruszczyka sinego, pępawy błotnej, kozłka bzolistnego, goryczki wąskolistnej, lilii złotogłów. Cenny faunistycznie rezerwat jest ostoją łosia, orlika krzykliwego, dwukrotnie obserwowano tu puchacza, na jedynym stanowisku w Parku.
REZERWAT PRZYRODY ROZTOKA - Rezerwat od 1949 roku; pow. 9,00 ha. Objęto ochroną stanowisko wiśni kwaśnej, gatunku pontyjskiego występującego na stepach południowo-wschodniej Europy, w Polsce (trzy stanowiska) na północnym krańcu zasięgu. Ścisła ochrona od 1959 roku się nie sprawdziła, ostatnio w 2002 roku wyłączono 0,89 ha ze względu na konieczność czynnej ochrony - odsłonięcie zwartych kęp wisienki. Dominującym zespołem jest dąbrowa świetlista; występują tu m. in. pięciornik biały, jaskier wieloowockowy, dzwonek brzoskwiniolistny, lilia złotogłów, kłosownica pierzasta. W sąsiedztwie Roztockie Dęby, 8 okazałych drzew ponad 200-letnich. Stanowisko paprotki zwyczajnej.
REZERWAT PRZYRODY RUSKA KĘPA - Rezerwat przyrody od 1980 roku; pow. 15,43 ha. Naturalny łęg wierzbowo-topolowy na tarasie zalewowym Wisły, bezpośrednio graniczący z rzeką. 130-letnie topole białe tj. białodrzewy zwane Napoleońskimi, osiągające 40 m wysokości i obwód 7 m w pierśnicy. Także stare wierzby białe i kruche, wiązy szypułkowe, olsze szare, czeremchy zwyczajne. Enklawa Kampinoskiego Parku Narodowego od 25.09.1997 roku, jako obszar ochrony czynnej.
REZERWAT PRZYRODY RYBITEW - Ochrona ścisła od 1959 roku; pow. 224,21 ha. Wały wydmowe i zagłębienia międzywydmowe w terenie, do którego docierały wody powodziowe Wisły, pozostawiając osady żyznych i wilgotnych mad. Bory mieszane świeże, grądy, dąbrowy oraz fragmenty łęgów, olsów i turzycowisk, bujne podszycie i runo, w którym występują m. in. lilia złotogłów, naparstnica zwyczajna, sasanka, wawrzynek wilczełyko, pięciornik biały, bodziszek czerwony, jaskier wieloowockowy, pajęcznica gałęzista, dziurawiec skąpolistny, łanowo konwalia majowa. Ostoja zwierzyny.
REZERWAT PRZYRODY SIERAKÓW - Rezerwat od 1937 roku; pow.1204,91 ha. Obszar ochrony ścisłej od 1959 roku im. prof. Romana Kobendzy, największy i najbardziej wartościowy przyrodniczo, należący do najwspanialszych w Polsce. Klasyczne wydmy paraboliczne m.in. Wywrotnia Góra, Kąt Góry, Biała Góra, kotlina bagienna Cichowęża i dolinka przepływowa Młyniska. Na wydmach bory mieszane, grądy i fragmenty dąbrowy świetlistej, na bagnach bory wilgotne, olsy i łęgi olszowo-jesionowe, pośród bagien wyniesienia grąd. Bardzo bogate runo rezerwatu, w którym występują m.in. chronione i rzadkie rośliny: lilia złotogłów, łuskiewnik różowy, kosaciec syberyjski, kruszczyk blotny, buławnik czerwony, kokorycz pełna, piżmaczek, zerwa kłosowa, żurawina błotna, miodownik melisowaty, orlik pospolity, prosienicznik plamisty. Największą osobliwością przyrodniczą jest rozmarynek - chamedafne północna, relikt epoki lodowcowej. Tutaj też najliczniej występuje brzoza czarna, endemit polski. Niedostępność terenu i praktycznie zupełny brak dróg spowodowały, że schronienie znalazły tu niemal wszystkie gatunki fauny Parku, m. in. bobry, łosie, czarne bociany, żurawie. Znakowane szlaki, wiodące przez obszar ochrony ścisłej, są świetnymi trasami wycieczek dydaktycznych o profilu przyrodniczym.
REZERWAT PRZYRODY WILKÓW - Ochrona ścisła od 1959 roku; pow. 358,09 ha. Zgrupowanie wyniosłych parabol wydmowych o najwyższym przewyższeniu w Parku, sięgającym 30 m. Dominuje bór sosnowy świeży z fragmentami boru mieszanego i wilgotnego. Imponujące skupisko starodrzewi, sięgających 200 lat w najstarszych fragmentach. Liczny nalot i podrost sosny świadczy o odnawianiu naturalnym. Na stromych, silnie nasłonecznionych zboczach wydm występują dąbrowy świetliste z charakterystycznymi dla niej kserotermami: pięciornikiem białym, kłosownica pierzastą, ciemiężykiem białokwiatowym i chabrem driakiewnikiem. W obszarze ochrony ścisłej i otoczeniu mają ostoję jelenie, które kilkanaście lat temu przywędrowały do Parku. Tutaj także gniazduje bocian czarny.
REZERWAT PRZYRODY ZABORÓW LEŚNY - Ochrona ścisła od 1959 roku; pow. 90,60 ha. Tereny wydmowe i bagienne. Na parabolicznych wydmach rośnie bór sosnowy świeży i mieszany, u ich stóp urodziwe uroczysko "Park" z grądem wilgotnym i fragmentami olsów, sąsiadujące z turzycowiskami Trzech Włók, zarastających łozami i olszyną. Na wydmie - Mogiła Powstańców Styczniowych 1863 roku. Na południowym skraju, obok leśniczówki, skupisko pomników przyrody: dębów szypułkowych i lip drobnolistnych. Ostoja zwierzyny, m. in. łosia i żurawia. Od 1980 roku na dawnych stawach rybnych bytują bobry.
REZERWAT PRZYRODY ZAMCZYSKO - Rezerwat od 1924 roku; ochrona ścisła od 1959 roku; pow. 5,27 ha. Dobrze zachowane grodzisko wczesnośredniowieczne z XII wieku, złożone z wysokiego cylindrycznego pagórka, otoczonego dwoma pasami wałów i fos, tzw. Stare Zamczysko, owiane legendami o skarbach Królowej Bony. Być może gródek myśliwski lub refugium - miejsce schronienia przed najazdami, do którego uciekali mieszkańcy książęcej osady w Rokitnie koło Błonia. Teren porośnięty przez dorodne drzewostany grądu wilgotnego, dąbrowy świetlistej i łęgu olszowego. Pomnikowe okazy dębów szypułkowych. Stanowiska m. in. lilii złotogłów, listery jajowatej, naparstnicy zwyczajnej, miodunki ćmej, kruszczyka szerokolistnego, czworolistu pospolitego, niecierpka pospolitego. Mogiła żołnierza AK z 1944 roku. W otoczeniu ostoja zwierzyny. Przez rezerwat nie prowadzi żaden szlak.
REZERWAT PRZYRODY ŻURAWIOWE - Ochrona ścisła od 1977 roku; pow. 319,69 ha. Łęgi olszowe, olsy, grądy wilgotne i wysokie, turzycowiska, a na obrzeżach fragmenty boru mieszanego i wilgotnego. Wczesną wiosną w runie masowo zakwitają zawilce gajowe i żółte, tworząc nieczęsto spotykane w innych częściach Parku kobierce kwiatowe. Ostoja zwierzyny: łosi, bobrów, żurawi, czarnych bocianów, orlików krzykliwych.